Skilsmässan från 1987 mellan fotbollen och handbollen upphör. 1987 delades IFK Malmö i två separata föreningar, IFK Malmö Fotbollsklubb och IFK Malmö Handbollsförening. 2005 blir IFK Malmö åter EN förening.

Interna stridigheter om främst ekonomin var orsaken till skilsmässan 1987. Sen dess har det varit mycket upp och ner idrottsligt.

Fotbollen har spelat fyra säsonger i Superettan (eller division 1), handbollen har två sejourer i högsta serien. Båda klubbarna har även gjort djupdykningar i seriesystemet. Det har också varit mycket upp och ner i storleken på de olika klubbarnas ungdomsverksamhet.

Det har genom åren funnits en övergripande gemensam organisation, IFK Malmö Idrottsallians, där de olika klubbarna och sektionerna varit representerade. Det har funnits tankar på att IFK Malmö åter skulle bli en enhet. Supporterskaran är i stort densamma.

I och med att det organisatoriska samarbetet mellan IFK Malmö FK och Kirseberg IF håller på att avvecklas har diskussionerna intensifierats och vid årsmötet i IFK Malmö Idrottsallians beslöts att IFK Malmö åter skall vara en förening med sju ekonomiskt och organisatoriskt helt fristående sektioner (Handboll, elit, Fotboll, senior, Handboll, ungdom, Fotboll, ungdom, Fotboll, dam, Bandy och Bowling).

Den nya organisationen är presenterad för fritidsnämnden, och vid onsdagens sammanträde finns ett förslag att IFK Malmö Idrottsallians skall beviljas en konsulenttjänst trots att det fattas ett 60-tal medlemmar. I gengäld hade sektionerna i fjor 3,5 så många aktiviteter som fordras.

Ordförande i IFK Malmö Idrottsallians är Arne Öhlander.